Το Διοικητικό Συμβούλιο του ΣΕΓΑΣ και η Οργανωτική Επιτροπή του Μαραθωνίου Αθήνας, του Αυθεντικού, αποφάσισαν, με αφορμή και την επετειακή διοργάνωση του 2010 οπότε και συμπληρώθηκαν 2.500 χρόνια από τη Μάχη του Μαραθώνα, να εγκαινιάσουν από το 2009 ένα νέο πρόγραμμα Κοινωνικής Ευθύνης, το οποίο συνάδει πλήρως με τους συμβολισμούς και το χαρακτήρα του αγώνα. Το πρόγραμμα αυτό απευθύνεται σε Μη-Κυβερνητικές Οργανώσεις που επιθυμούν να συμμετάσχουν ενεργά στις εκδηλώσεις και δραστηριότητες του Μαραθωνίου Αθήνας, δίνοντάς τους τη δυνατότητα να χρησιμοποιήσουν τον ίδιο τον αγώνα τόσο ως μέσο για την ευαισθητοποίηση του ευρύτερου κοινού αναφορικά με τους σκοπούς και το έργο τους, όσο και ως μια πλατφόρμα συγκέντρωσης χρημάτων και πόρων για την υλοποίηση των στόχων τους.
Στο Πρόγραμμα Κοινωνικής Ευθύνης του Μαραθωνίου Αθήνας, του Αυθεντικού, κατά τη διάρκεια του έτους 2015 συμμετέχουν οι παρακάτω Μη-Κυβερνητικές Οργανώσεις:
